Prezident İlham Əliyevin “Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin strukturunun təsdiq edilməsi haqqında” 2010-cu il 27 dekabr tarixli 1251 nömrəli və “Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin strukturunun təkmilləşdirilməsi haqqında” 2014-cü il 24 iyul tarixli 664 nömrəli sərəncamlarında dəyişiklik edilməsi barədə” sərəncamına əsasən Şəki şəhər, Qəbələ, Oğuz, Qax, Zaqatala, Balakən rayon təhsil şöbələrinin əsasında Şəki– Zaqatala Regional Təhsil İdarəsi yaradılıb.

Şəki– Zaqatala Regional Təhsil İdarəsinin tabeliyində 365 ümumtəhsil müəssisəsi, 205 məktəbəqədər təhsil müəssisəsi, 12 məktəbdənkənar təhsil müəssisəsi fəaliyyət göstərir.